Osmanlı Devletinde İslam Dinine dair işler ve Müslümanlara sunulacak din hizmetleri, bir devlet görevlisi olan Şeyhülislam tarafından idare edilmiştir. Cumhuriyetin ilanından önce, kurtuluş savaşı ve yeni bir devletin kurulması gibi son derece olağanüstü hallerin yaşandığı bir zaman diliminde kurulan TBMM Hükümeti döneminde de din hizmetleri ihmal edilmemiş, 3 Mayıs 1920 tarihinde oluşturulan hükümette, Osmanlı dönemindeki Şeyhülislamlık ve Evkaf Nezaretinin hizmetlerini deruhte etmek üzere Şer’iye ve Evkaf Vekâleti adı altında bir bakanlık yer almış ve 3 Mart 1924’te Diyanet İşleri Başkanlığı kuruluncaya kadar ülkede din hizmetlerini yürütmüştür.
3 Mart 1924 tarihinde Şer'iye ve Evkaf Vekâleti kaldırılarak yerine, 429 sayılı Kanunla, Diyanet İşleri Başkanlığı Teşkilatı kurulmuştur. 22.06.1935 tarihli Resmî Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren 2800 sayılı “Diyanet İşleri Reisliği Teşkilat ve Vazifeleri Hakkında Kanun”, Başkanlığımızın ilk teşkilat kanunudur. Bu kanunda, teşkilatın yapısı, kadro durumu, merkez ve taşra görevlilerinin nitelikleri ve tayin usulleri belirlenmiş, her vilayet ve kazada bir müftü bulunacağı hükme bağlanmış, müftü seçimi usulü belirlenmiştir.
1950 tarihinde yürürlüğe konan 5634 sayılı Kanunla da günün şartlarına göre yeniden düzenlenmiştir.
1961 Anayasası; 154. maddesiyle Diyanet İşleri Başkanlığı'nı bir Anayasa kurumu olarak düzenlemiş, genel idare içinde yer vermiş ve bu kurumun, özel kanununda gösterilen görevleri yerine getirmesini öngörmüştür.
1965 tarih ve 633 sayılı Diyanet İşleri Başkanlığı Kuruluş ve Görevleri Hakkında Kanun ile Başkanlık yeni bir düzenlemeye kavuşturulmuştur. Diyanet İşleri Başkanlığı Merkez Teşkilatına bugünkü organik yapısını kazandıran ve Diyanetin tarihi gelişimi içerisinde yeni bir dönemi başlatan da bu kanun
olmuştur.
1976 tarih ve 1982 sayılı Kanunla, 633 Sayılı "Diyanet İşleri Başkanlığı Kuruluş ve Görevleri Hakkında Kanun"da geniş çapta değişiklik yapılmış ve Diyanet İşleri Başkanlığının yurtdışında da teşkilatlanması sağlanmıştır. Ancak Anayasa Mahkemesi'nin 18.02.1979 tarihli kararı ile iptal edilmiştir.
Başkanlığın mevcut teşkilat yapısı, 633 sayılı Kanun’da çok kapsamlı değişiklikler yapan 01.07.2010 tarihli ve 6002 sayılı Kanun ile belirlenmiştir. Söz konusu Kanun Başkanlığa çok önemli kazanımlar sağlamıştır. Başkanlık, hiyerarşik olarak genel müdürlük seviyesinden müsteşarlık seviyesine yükseltilmiş, iki sürekli kurula ilaveten dokuz adedi genel müdürlük seviyesinde olmak üzere on dört hizmet birimi oluşturulmuş, çağın gerekleri doğrultusunda yeniden şekillendirilmiştir.
Kuruluşundan bugüne kadar gerek yurtiçindeki, gerekse yurtdışındaki vatandaş, soydaş ve dindaşlarımıza din hizmeti vermekte olan Diyanet İşleri Başkanlığı, Anayasada belirtilen ilkeler doğrultusunda üzerine düşen görevleri yerine getirebilmek ve daha iyi bir hizmet sunabilmek için yoğun çalışmalarını sürdürmektedir.